The 2003 Formula Ford Zetec Championship Series was the third USF2000 Ford Zetec championship. PR1 Motorsports driver Jonathan Bomarito took the title in a Van Diemen RF03.
| Rank | Driver | SEB1 | SEB2 | PIR1 | PIR2 | LRP1 | LRP2 | MOH1 | MOH2 | ROA1 | ROA2 | MOH3 | MOH4 | ATL1 | ATL2 | Points |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | | 2 | 7 | 2 | 2 | 1 | 3 | 3 | 5 | 3 | 4 | 1 | 1 | 1 | 1 | 267 |
| 2 | | 1 | 1 | 3 | 13 | 2 | 2 | 2 | 1 | 23 | 3 | 4 | 3 | DSQ | 2 | 262 |
| 3 | | 27 | 3 | 1 | 1 | 11 | DNS | 6 | 2 | 1 | 1 | 2 | 8 | 2 | 3 | 219 |
| 4 | | 7 | 13 | 3 | 15 | 1 | 3 | 2 | 22 | 3 | 26 | 8 | 6 | 177 | ||
| 5 | | 12 | 5 | 4 | 4 | 4 | 23 | 7 | 5 | 6 | 25 | 6 | 5 | 161 | ||
| 6 | | 5 | 4 | 4 | 3 | 24 | 1 | 8 | 4 | 22 | 2 | 5 | 22 | 22 | 9 | 156 |
| 7 | | 3 | 19 | 7 | 6 | 5 | 7 | 6 | 26 | 7 | 20 | 3 | 4 | 154 | ||
| 8 | | 14 | 9 | 8 | 7 | 9 | 9 | 4 | 28 | 24 | 2 | 4 | 21 | 134 | ||
| 9 | | 25 | 14 | 26 | 8 | 11 | 20 | 5 | 7 | 17 | 4 | 5 | 7 | 116 | ||
| 10 | | 11 | 8 | 10 | 17 | 12 | 12 | 8 | 11 | 8 | 9 | 13 | 13 | 108 | ||
| 11 | | 15 | 11 | 6 | 4 | 9 | 16 | 10 | 10 | 9 | 25 | 9 | 5 | 10 | 24 | 107 |
| 12 | | 9 | 6 | 5 | 19 | 7 | 6 | 11 | 21 | 26 | 6 | 102 | ||||
| 13 | | 24 | 16 | 12 | 20 | 16 | 8 | 26 | 6 | 11 | 7 | 9 | 25 | 85 | ||
| 14 | | 6 | 12 | 6 | 5 | 21 | 11 | 12 | 17 | 80 | ||||||
| 15 | | 26 | 17 | 13 | 21 | 10 | 10 | 10 | 56 | |||||||
| 16 | | 19 | 9 | 14 | 11 | 11 | 8 | 54 | ||||||||
| 17 | | 18 | 26 | 14 | 13 | 15 | 12 | 14 | 20 | 42 | ||||||
| 18 | | 10 | 8 | 21 | 18 | 17 | 13 | 14 | 24 | 18 | 13 | 17 | 18 | 42 | ||
| 19 | | 13 | 2 | 33 | ||||||||||||
| 20 | | 13 | 18 | 12 | 10 | 31 | ||||||||||
| 21 | | 8 | 10 | 24 | ||||||||||||
| 22 | | 12 | 12 | 20 | 18 | 22 | 15 | 16 | 16 | 21 | ||||||
| 23 | | 4 | 24 | 20 | ||||||||||||
| 24 | | 17 | 20 | 25 | 9 | 24 | 24 | 18 | ||||||||
| 25 | | 5 | 5 | 13 | 20 | 16 | 24 | 15 | ||||||||
| 26 | | 10 | DNS | 11 | ||||||||||||
| 27 | | 21 | 22 | 18 | 18 | 20 | 19 | 11 | ||||||||
| 28 | | 16 | 25 | 6 | ||||||||||||
| 29 | | 23 | 18 | 4 | ||||||||||||
| 30 | | 22 | 23 | 2 | ||||||||||||
| | 24 | 11 | ||||||||||||||
| | 17 | 17 | ||||||||||||||
| | 18 | 16 | DNS | DNS | ||||||||||||
| | 27 | 8 | ||||||||||||||
| | 16 | 27 | ||||||||||||||
| | 17 | 11 | 20 | 17 | 21 | 19 | ||||||||||
| | 19 | 22 | 19 | 14 | ||||||||||||
| | 18 | DNS | ||||||||||||||
| | 20 | 14 | ||||||||||||||
| | 19 | 15 | 13 | 12 | 23 | 14 | 18 | 15 | ||||||||
| | 15 | DNS | ||||||||||||||
| | 22 | DNS | ||||||||||||||
| | 20 | 21 | ||||||||||||||
| | 9 | 9 | ||||||||||||||
| | DNS | 23 | ||||||||||||||
| | 16 | 14 | 14 | 15 | DNQ | DNQ | 25 | 16 | 19 | 17 | ||||||
| | 8 | 7 | ||||||||||||||
| | 22 | 19 | ||||||||||||||
| | 11 | 11 | ||||||||||||||
| | 7 | 6 | ||||||||||||||
| | 15 | 12 | ||||||||||||||
| | 19 | 10 | ||||||||||||||
| | 24 | 12 | ||||||||||||||
| | 15 | 16 | ||||||||||||||
| | 20 | DNS | ||||||||||||||
| | 13 | 10 | ||||||||||||||
| | 21 | 19 | ||||||||||||||
| | 15 | 15 | ||||||||||||||
| | 25 | 14 | ||||||||||||||
| | 21 | 21 | ||||||||||||||
| | 10 | 13 | ||||||||||||||
| | 23 | 23 | ||||||||||||||
| | 23 | DNS |